清关不利表现在以下几点:
(一)航班异常
在实际操作中，时常会出现航班异常的情况，即货物不能准时到达口岸，这会在一定意义上影响口岸的清关时效。也有一些时候，在同一电商货物较多的情况下，如果航空公司舱位配置不够，则会导致货物落货现象，使货物不能全部到达口岸。这时，因为货物未到齐全，口岸也就不能进行相应清关手续的办理。
(二)舱单问题
自2014年8月海关总署推出新舱单系统之后，各地纷纷响应新舱单申报系统。萧山机场海关快件科要求，在办理跨境时，必须先确定航空公司发送的原始舱单数据与机场进港部发送的理货报告是否完全一致。如果不一致，海关系统将无法办理业务。而在实际操作中，舱单问题是影响清关时效的最大问题。
(三)联系不上收件人
有可能由于收件人资料不对或者放假等原因导致联系不上收件人，无法确认清关信息或者关税支付问题等，而影响清关手续的办理。