跨境电商物流和境内电商物流相比存在的几点不同：
1.物流环境差异
跨境电商物流面向全球各国、各地区,境内电商物流则只在境内活动。从环境上看，跨境电商物流的环境更加复杂,具有国际性特点。从业务单据上看,跨境电商物流需要准备报关单、原产地单据、产品检验检疫等相关文件,而境内电商物流则只需要一张快递面单即可。从运输货物的类型上看,跨境电商物流运输对于货物的种类限制较多,如液体、粉末等商品在境内电商物流运输中比较常见,但如果这类商品想要运输到境外,则需要提供一系列的认证、审核文件。
2.业务操作复杂
跨境电商物流需要使用英语或者其他语言制作单据、佐证资料等,因此在业务操作过程中的复杂程度远高于境内物流。境内电商物流的分拣相较于跨境电商物流简单一些，也不用考虑跨境电商物流因产品价值产生的关税问题。因为跨境电商物流需要服务于不同的国家(地区),因此根据不同国家(地区)的政策要求,跨境电商物流需要有相应的措施。比如出口到美国的商品需要在包装上外贴“made in china”的标签。
3.主要运输方式差异
境内电商物流主要使用卡车来完成境内货物的运输,但跨境电商物流则需要使用海运、空运、铁路运输、公路运输等两种以上的运输方式。比如,一单货物从中国运送到美国,可以通过海运或空运送达美国境内,随后使用卡车派送至目的地。也正是因为跨境电商物流运输方式的复杂性、多变性，使得跨境电商物流的丢包率非常高,经济损失大。
4.信息查询沟通差异
境内消费者通过网络购买商品，通常使用电商自建物流或者与电商合作的第三方物流。因此当消费者购买商品后,可以在电商平台物流查询后台或者物流公司的官方平台查询物流状态,也可以打电话直接沟通物流情况。但这些方式应用到跨境电商物流则会存在许多障碍。跨境电商物流的信息通常需要等到货物发出两天后才能查询,且平台后台无法体现精确的物流信息,只能显示货物到达的某个港口。不同平台对物流商的要求也不同,因此,并不是所有的跨境电商物流产品在每个平台均适用。比如亚马逊平台对物流商的认证就有要求,并不是所有物流服务商均可以对接亚马逊的后台。