医药配送中心的运作包括商品收、存、发3个环节。如果把配送中心比作人体，那么仓储就是心脏，商品如同血液必须经过心脏的储存才可以流向全身各部。因此，仓储在配送中心整体运营中的作用至关重要。
特点是高效、有序
目前，多数医药零售企业的配送中心采用wms物流系统，配合采用电子标签货位管理，该系统具有以下几个特点：
高收、发效率 该系统要求商品严格按照批号进行存储，同一商品因批号不同需要存放到不同的货位，发货时也是按照批号分配数量。收货时，验收上架的商品经过手持终端pda扫描，其所需要存储的数量与位置都能正确地显示在电子标签上；发货时，pda扫描需出货的客户信息后，直接扫描货架数据信息就能马上在对应的要货电子标签上显示该商品的出货数量。商品经仓储人员按电子标签上的数量拣货后，即可放到传送带直接传送到复核组进行复核。
节省存储面积、人员 采用wms系统后，商品的存储区域大致分2块，分别是散件发货区和整件存储区。散件发货区能满足所有出货商品的存储品项，但单品数量只能满足设定的最小出货量，商品通过整件区的内部补货移动来保证散件发货区的发货数量，因此整体的存储区完全划分成2大块，大大缩小了发货的操作空间。
而在散件发货区中，假设该区共设定28排货架，仓储员每人负责2排货架，因此14个人8小时就能轻松完成150家门店的拣货任务，对比之前的单店拣货和总拣分货模式，大大减少了仓储员的人数。
abc法则设定货位 在wms系统中，商品按abc法则进行货架存储，也就是按照商品阶段性的调拨频率进行分类储存，一般分为如下3类：a类商品占分类存储品项的13%～15%，调拨频次占其总调拨频次的30%～50%；b类商品占分类存储品项的20%～25%，调拨频次占其总调拨频次的33%～40%；c类商品占分类存储品项的60%～67%，调拨频次占其总调拨频次的10%～37%。
按照abc法则分类，a类商品存储空间小，发货频率快，效率高；b类存储空间也较小，人员需求也较低，效率也较高；c类存储空间大，但发货频次少，人员需求相对也不大，工作效率可以和ab类持平。
abc法则不仅可以按照整体货架进行分配，还可以进行详细分解。例如，a类货位设定在整个散件发货区的黄金位置，c类设定在偏僻的位置，方便商品内部上架转储和拣货。另外，同一货架内的商品也可以再进行abc分类，a类摆放在中间层靠外侧等，这都有效提高工作效率。
abc法则或增加用工成本
任何操作系统都有利弊两面。wms系统也有它的不足之处：商品严格按照批号进行摆放，大大增加了货位数量，上架员容易凭印象把内部转储的商品上错货位，造成发货、盘点错误，仓储员也容易把复核退回的商品上错货位，导致商品批次混乱。
此外，商品按照abc法则分类，各区仓储员的绩效考核方案也不同。例如，a类仓储员的拣货品项和数量大大超过b类和c类，虽然可以通过设定不同的基数来解决绩效考核问题，但在实际操作中还是很难平衡。而商品按abc法则分类的另一个缺点，是商品常需要按季节变化、营销方法变更的情况进行分类调整，再加上每天内部转储补货，每一次调整都需要进行数据分析，从而带来了相关辅助人员的数量和成本的增加。
众所周知，先进物流设备前期投入较大。采用wms系统，前期需要配备先进的物流设备，如电子货位标签、手持终端pda、传送设备、立体货架、电动叉车、堆高叉车等，后期则会产生设备养护费用。但wms系统仍是目前国内最先进的物流管理系统，对于整体工作效率的提高却有非常重要的意义——提高效率，从而降低用工成本及管理成本，适合于经营规模较大的医药连锁企业。