企业在生产经营中，不免会发生各种情况的存货损失。根据《增值税暂行条例》规定，非正常损失的购进货物和非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务的进项税额都不得从销项税额中抵扣，已经抵扣的进项税应予转出。
由此看出，增值税进项税额转出核心问题是正确区分和判断正常损失与非正常损失，这个问题明确了，才能正确处理正常损失与非正常损失的进项税及进项税转出。因而，对“非正常损失”界定更为重要。
这里需要注意的是，《增值税暂行条例》2009年1月1日起实施后，对上述规定进行了修订。《国家税务总局关于修改若干增值税规范性文件引用法规规章条款依据的通知》（国税发[2009]10号）明确规定，自2009年1月1日起将此条中“《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十一条规定：‘非正常损失是指生产、经营过程中正常损耗外的损失’”修改为“《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定，非正常损失是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。”
那么，企业在生产经营中哪些存货损失属于增值税规定中所称的“非正常损失”呢？
第一，由于国家产业政策和市场因素，导致贵公司存货发生价值减少，实际货物并未损失，这种情形也理解为“价损”。
价损的原因不是企业本身所能把控。如，前几年国家就规定停止使用的“塑料餐盒”，因此，其所发生的损失，不应界定为是管理不善，其进项税额无须做转出的处理。这样处理的主要依据是：《国家税务总局关于企业改制中资产评估减值发生的流动资产损失进项税额抵扣问题的批复》 （国税函[2002]1103号）规定，“《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十一条规定：非正常损失是指生产、经营过程中正常损耗外的损失。对于企业由于资产评估减值而发生流动资产损失，如果流动资产未丢失或损坏，只是由于市场发生变化，价格降低，价值量减少，则不属于《中华人民共和国增值税 暂行条例实施细则》中规定的非正常损失，不作进项税额转出处理。”
第二，对有保质期的货物，假如没有保质期约束，其货物仍可继续使用，就不存在自行需要处理掉的问题。超过保质期存货不仅是出于质量管理的要求，而且这类存货往往都是关系人身安全，如食品、药品等，同时国家相关部门对此也做出严格的保持期限。对于这种情况下的存货损失，其进项税额的处理也不属于管 理不善。对此，国家尚无统一的税收政 策，但安徽省曾经请示国家税务总局后，做出这样的解释：《安徽省国家税务局关于若干增值税政策和管理问题的通知》（皖国税函[2008]10号）一、关于 存货进项税额转出问题：“（二）纳税人因库存商品已过保质期、商品滞销或被淘汰等原因，将库存货物报废或低价销售处理的，不属于非正常损失，不需要作进项税额转出处理。”
第三，存货由于未到保质期而发生损失，通常情况下是与采购计划盲目、货物采购质量、验收人、生产过程等多因素相关，这些现象不能排与除管理责任有关，极有可能都会被税务机关认定为非正常损失。如能提供证明与管理不善无关的证据，被税务机关认可的，可不做非正常损失处理。
由此看来，对于处理一些可能不完全符合《增值税暂行条例》及实施细则中所说生产经营中的合理损耗，要注意收集符合客观情况的证据，以减少被认定为非正常损失的可能。
（注：合理损耗一般是指工艺损耗或保管中的自然挥发等合理的自然损耗）