传统的国内跨境电子商务进口物流方式是中国境内贸易公司通过一般贸易方式将商品进口到中国境内之后，直接通过自己的电商平台销售，或交由其他电商平台销售。这是在跨境贸易电子商务服务试点推行前，绝大多数合法商家都采取的方式。除此之外，还有以下五种物流方式。
(一)旅客行李
即进出境旅客携带的全部行李物品。海关对行李物品的界定是自用合理数量，非以营利为目的，因此并不适合跨境电子商务。
(二)个人邮递物品
即通过邮运渠道进出境的包裹、小包邮件以及印刷品等物品。通过邮运渠道到口岸邮局办事处监管清关的货品量较大，但处理时效和服务质量有待提高。
(三)快件
即进出境快件营运人，以向客户承诺的快速的商业运作方式承揽、承运的进出境货物、物品，进出境快件监管一般都有信息化系统，因此处理能力和稳定性都比较好。
(四)跨境试点一般进口
适用于境内个人或电子商务企业通过电子商务交易平台实现交易(保税电商除外)，并采用“清单核放、汇总审批”模式办理通关手续的电子商务零售进出口。此种方式清关费用比邮快件低，处理能力比邮快件稳定。
(五)跨境试点保税进口
这种物流方式不但因备货仓储在境内而运营成本较境外低，而且发货时效快，退换货操作方便，用户体验好，综合物流成本最低。
如果采用保税进口模式，根据海关总署《关于跨境贸易电子商务服务试点网购保税进口模式问题的通知》，参与试点的电商、物流等企业须在境内注册并按照现行海关管理规定进行企业注册登记，开展相关业务，且能实现与海关等管理部门的信息系统互联互通。
跨境电子商务进口的物流模式表现出多样化的特点，贸易商应根据各自的需要选择适合的物流模式。跨境电子商务进口的竞争逐步从商品的竞争向供应链和整体服务的竞争转移，因此跨境试点一般进口和跨境试点保税进口是目前跨境电子商务进口的主要物流方式。
根据海关总署相关管理规定，电子商务企业或个人通过经海关认可并且与海关联网的电子商务交易平台实现跨境交易进出境货物、物品的，电子商务企业、监管场所经营企业、支付企业和物流企业应当按照规定向海关备案，并通过电子商务通关服务平台实时向电子商务通关管理平台传送交易、支付、仓储和物流等数据。开展跨境电子商务进口，通常需要具备自营或平台网站/网店，网站已完成网络内容提供商(icp)备案且正常运作，与海关、商检、电子口岸等完成对接。目前，各试点城市都推出了自己的跨境贸易电子商务平台，如上海的跨境通、宁波的跨境购等。
跨境支付过程涉及海关的系统校对核查、用户下单时的信息审查以及电商综合税的缴纳等，任何一个环节出错都会给用户造成不良体验，直接导致销售损失和品牌受损。因此，跨境电子商务进口企业在选择收款支付公司时，需要考量的因素，除了费率，更重要的是安全、合规和支付资质，建议选择已经获得政府主管部门准入的公司开展合作。